Ο Στυλιανός-Ιωάννης Γ. Κουτνατζής μετά το πτυχίο Νομικής του Πανεπιστημίου Αθηνών (με το βαθμό «άριστα») και τον τίτλο LL.M. από το Πανεπιστήμιο Harvard, εκπόνησε στο Τμήμα Νομικής του Ελεύθερου Πανεπιστημίου Βερολίνου τη διδακτορική του διατριβή, για την οποία του απονεμήθηκαν η διάκριση «summa cum laude» και το Βραβείο Ernst-Reuter.
Έχει διατελέσει υπότροφος της Γερμανικής Υπηρεσίας Ακαδημαϊκών Ανταλλαγών, του Ιδρύματος Ωνάση, του Προγράμματος Fulbright, καθώς και Landon Gammon Fellow της Νομικής Σχολής του Πανεπιστημίου Harvard, όπου και έχει εργασθεί ως Επιστημονικός Συνεργάτης.
Είναι λέκτορας Δημοσίου Δικαίου στη Νομική Σχολή του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης και έχει διδάξει επίσης στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και στο Πάντειο Πανεπιστήμιο. Είναι, επίσης, δικηγόρος, συνιδρυτής των δικηγορικών γραφείων MK legal, καθώς και μέλος της Συντακτικής Επιτροπής και υπεύθυνος Επιστημονικής Γραμματείας του νομικού περιοδικού «Το Σύνταγμα». Από το 2012 έως το 2015 διετέλεσε νομικός σύμβουλος του Υφυπουργού Οικονομικών. Οι δημοσιεύσεις του, σε ελληνική, αγγλική και γερμανική γλώσσα, αναφέρονται ιδίως σε θέματα συνταγματικού δικαίου και συνταγματικής θεωρίας.
