Ο Αμβρόσιος έχει κατηγορηθεί για δημόσια υποκίνηση σε ρατσιστική βία ή μίσος και κατάχρηση εκκλησιαστικού αξιώματος ύστερα από εμφανώς ομοφοβικό κείμενο που είχε αναρτήσει τον Δεκέμβριο του 2015 στην προσωπική του ιστοσελίδα με τίτλο ««ΑΠΟΒΡΑΣΜΑΤΑ ΤΗΣ ΚΟΙΝΩΝΙΑΣ ΣΗΚΩΣΑΝ ΚΕΦΑΛΙ! Ας μιλήσουμε έξω από τα δόντια, ΦΤΥΣΤΕ ΤΟΥΣ».